1) elle était venue

auxiliaire être, accord avec le sujet 'elle' féminin

 je l'avais trouvée belle

auxiliaire avoir, accord avec le COD l' placé avant le verbe.

l' représente "elle" de la phrase qui précède

2) je l'avais regardée

 idem    COD : l'

je lui avait dit (quoi ?) qu'elle était ...

pas d'accord le COD est après le verbe, "lui" est COI

3)

elle est venue    verbe être, accord avec le sujet "elle"

elle n'y a rien compris   (accord avec rien)

elle est partie        verbe être, accord avec le sujet "elle"

4)

pourquoi lui as-tu donné  (quoi ? le désir....)

auxiliaire avoir, COD après le verbe, pas d'accord

tu l'avais condamnée

(accord avec l' placé avant le verbe)