Existem diferenças entre os métodos das ciências sociais e das ciências naturais porque elas estudam objetos de pesquisa distintos, que possuem características e complexidades diferentes. Enquanto as ciências naturais estudam fenômenos naturais, como as leis da física e da química, as ciências sociais estudam fenômenos humanos e sociais, como as relações sociais, a cultura, a política e a economia.

Os fenômenos estudados pelas ciências sociais são mais complexos e menos previsíveis do que os fenômenos estudados pelas ciências naturais. Por exemplo, é mais difícil prever o comportamento humano do que o movimento de um objeto físico. Além disso, muitos dos fenômenos estudados pelas ciências sociais são influenciados por fatores culturais, históricos e políticos, o que torna o seu estudo mais complexo e sujeito a interpretações diversas.

As ciências sociais também têm um caráter mais subjetivo do que as ciências naturais, já que muitas vezes os pesquisadores precisam lidar com opiniões, valores e visões de mundo diferentes. Enquanto as ciências naturais se baseiam em experimentos e métodos quantitativos, as ciências sociais utilizam métodos qualitativos, como entrevistas, observação participante e análise de documentos, para coletar e analisar dados.

Por fim, as ciências sociais e as ciências naturais também diferem na sua relação com o objeto de estudo. Nas ciências naturais, o objeto de estudo é muitas vezes visto como algo externo e independente do pesquisador, enquanto nas ciências sociais, o objeto de estudo é frequentemente influenciado pelas crenças, valores e opiniões dos próprios pesquisadores. Isso torna o processo de pesquisa nas ciências sociais mais suscetível a vieses e interpretações subjetivas.