O controle de qualidade é uma medida muito aplicada nos laboratórios de análises clínicas, não apenas por ser exigido por legislação, mas também por opção do próprio laboratório, que se preocupa com a qualidade dos serviços oferecidos. O(s) objetivo(s) do controle de qualidade é (são):

a.
Participar de um programa externo de gestão da qualidade para a padronização de exames na fase analítica e certificação de excelência emitida pelo respectivo programa.

b.
Padronizar a fase laboratorial analítica com amostras adquiridas em programas externos de qualidade, de outro laboratório ou amostras comerciais obtidas junto ao fabricante do equipamento.

c.
Gerar indicadores de todos os processos desenvolvidos nas fases laboratoriais para disponibilizar aos profissionais atuantes no laboratório e para que o corpo clínico tenha acesso ao andamento do laboratório.

d.
Padronização dos procedimentos realizados na rotina e melhoria contínua, evitando ao máximo a ocorrência de erros e apresentando resultados fiéis à realidade do paciente.

e.
Desenvolver POP (procedimento operacional padrão) de todos os processos realizados no laboratório e disponibilizá-los para que o paciente tenha acesso ao que vai ser feito com a sua amostra biológica.