Antes de responder a sua pergunta, vamos recapitular:

"O QUE É OXIGÊNIO?"

O Oxigênio é um elemento químico que pertence ao segundo período da família VIA (calcogênios) da Tabela Periódica. Trata-se do elemento mais abundante na superfície terrestre. Todos sabemos da importância vital desse elemento, já que ele forma o gás oxigênio (gás presente no ar atmosférico que é fundamental para a sobrevivência de diversos seres).
"O QUE É NITROGÊNIO?"

É um dos elementos mais abundantes no Universo. Na Terra está em sua maior parte, em estado gasoso, chegando a preencher 78% do volume do ar atmosférico.

Voltando para a sua pergunta:
"POR QUE O OXIGÊNIO E O NITROGÊNIO
NÃO FAZIAM PARTE DA ATMOSFERA PRIMITIVA?"
Na mudança da atmosfera primitiva para a atual foi que surgiu o oxigênio, naquela época, ele era considerado o “lixo” dos organismos fotossintetizantes que incorporavam o gás carbônico, e, com o tempo e evolução das espécies, segundo teorias evolucionistas, os organismos foram se adaptando até o surgimento de seres adaptados a esse gás (O2), tornando-o útil na respiração.

BONS ESTUDOS!