A présent.... colère (subordonnée) je ne vois plus....... pupille (principale) 

En effet, je voudrais bien savoir (principale) ce qu'elle espère gagner par là (subordonnée)

si ce n'est pour se défendre (subordonnée)  il faut convenir (principale) qu'elle s'y prend un peu tard (subordonnée)

Il faudra bien (principale) qu'un jour elle me dise le mot de cette énigme (subordonnée)

J'ai grande envie de le savoir (indépendante)