As bactérias são classificadas de acordo com o formato da célula; os três principais grupos são: cocos, bacilos e espiroquetas.

Cocos: Bactérias que apresentam estrutura esférica. Podem ser classificadas em relação ao seu arranjo em: diplococos (agrupamento de dois cocos), tétrades (agrupamento de quatro cocos), sarcina (agrupamento de oito cocos formando uma espécie de cubo), estreptococos (cocos agrupados em cadeias) e estafilococos (cocos agrupados em um arranjo semelhante ao cacho de uva);

Bacilos: Bactérias que apresentam estrutura em forma de bastão. Podem ser encontradas organizadas em diplobacilos (bacilos agrupados aos pares) ou estreptobacilos (bacilos organizados em cadeias). Podem ocorrer ainda em paliçada, agrupados lado a lado;

Cocobacilos: Assemelham-se a uma forma de transição entre cocos e bacilos e caracterizam-se por serem bastões muito curtos;

Espiraladas: Apresentam sua célula em espiral e ocorrem, em sua grande maioria, de forma isolada. Podem ser classificados em espirilos, quando possuem corpo mais rígido e a presença de flagelos, e espiroquetas, que são mais flexíveis e locomovem-se por contrações citoplasmáticas;