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Avec la guerre et l'invasion de l'Europe, la politique d'extermination commence. Le Génocide entre alors dans une phase industrielle, c'est un crime contre l'humanité qui signifie une extermination d'une ethnie, une nation jugé de trop sur la terre. Tout le monde est visé même les enfants, car c'est une extermination planifiée, préméditée par un État qui se fonde sur une idéologie. Les premiers acteurs du génocide sont Einsatzgruppen, groupe mobile appartenant à la SS et chargé après le passage de la Wehrmacht, des massacres de civils, surtout des Juifs. 
Durant la nuit de Cristal (9/11/1938), il y a eu une attaque physique c'est-à-dire que les juifs ont été humiliés et assassinés, ainsi que leurs commerces vandalisés. Les juifs sont regroupés et entassés dans les ghettos avec une étoile en brassard au niveau du bras, entraînant une pénurie. 
Lors de la conférence de Wannsee, (le 20/01/1942), les nazis planifient à l'échelle de toute l'Europe la systématisation de l'extermination des Juifs d'Europe, ce qu'ils appellent la "solution finale" . On estime que six millions de Juifs européens sont exterminés dans les ghettos, par balles, puis dans les camps d’extermination comme dans le Camp d'Auschwitz qui est le plus grand camp de concentration et d'extermination nazi. Ce camp est doté de plusieurs chambres à gaz, il occupe à partir de 1942 une place centrale dans le génocide des Juifs d'Europe. Au total, entre 1941 et 1944, 3 millions de Juifs sont morts dans les camps. En prenant également en compte les victimes des Einsatzgruppen et de l'enfermement dans les ghettos, le total des victimes juives de la Shoah atteint un total de 5,1 millions de personnes. Près de 250000 Tziganes, sur une population de 750000 en 1939, ont également été assassinés.