As cianobactérias foram os principais produtores primários da biosfera durante mais ou menos 1.500 milhões de anos, e continuam sendo nos oceanos. O mais importante é que através da fotossíntese elas encheram a atmosfera de O2. Continuam sendo as principais provedoras de N para as cadeias tróficas dos mares. São também purificadoras do mar, através da "limpeza" das impurezas do oceano. Outras espécies são endossimbiontes em líquenes ou em vários protistas, fornecendo energia aos seus hospedeiros.