Microrganismo é o nome dado a todos os organismos compostos por uma única célula e que não podem ser vistos a olho nu, sendo visíveis apenas com o auxílio de um microscópio. Logo, esta é uma classificação artificial - e sob o nome de "microorganismo" podem estar reunidos organismos pertencentes aos mais diversos grupos, como, por exemplo, vírus, bactérias, fungos unicelulares e protistas.

A área que estuda esses pequenos organismos é chamada de microbiologia. Muitas vezes, o termo é associado à transmissão de doenças. No entanto, nem todos os microorganismos são patogênicos, existindo até mesmo aqueles que são benéficos à saúde humana, como é o caso das bactérias da flora intestinal.