O órgão possui células que o recobrem internamente e produzem muco, uma forração gelatinosa. Ela funciona como um escudo para inibir a autodigestão “porque protege as paredes do estômago das pepsinas (uma enzima) e do ácido clorídrico, principais substâncias do suco gástrico”  Por ser alcalino, o muco neutraliza o ácido clorídrico, um potente corrosivo. 

As pepsinas, que precisam de um meio ácido para trabalhar, também não conseguem atingir a parede do órgão. Mas quando alguém está estressado, o organismo pode aumentar a concentração de ácido clorídrico ou bloquear a produção do muco, provocando a formação das úlcera pépticas.