A Controladoria Geral da União é um órgão vinculado diretamente: Ao Ministério da Fazenda, funcionando como controle interno. Ao Tribunal de Contas da União, funcionando como controle interno. Ao Ministério Público Federal, funcionando como um órgão autônomo. Ao Poder Executivo, funcionando como órgão de execução. À Presidência da República, funcionando como órgão consultivo.