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 Enquanto a primeira lei se refere á transmissão de características isoladas, a segunda lei trata de uma relação na transmissão de mais de uma característica simultaneamente.
Mendel descobriu a segunda lei (ou lei da segregação independente) a partir de experimentos com ervilhas, em que cruzou plantas puras ( homozigóticas ) com sementes amarelas (VV) e lisas (RR), com sementes verdes (vv) e rugosas (rr).
 Na primeira geração (F1) obteve todas as plantas com fenótipo amarelas e lisas, e genótipo heterozigótico (VrRr). e por autofecundação obteve a segunda geração (F2), em que haviam 4 tipos de sementes ( amarela e lisa - V_R_, amerela e rugosa - V_rr, verde e lisa - vvR_, verde e rugosa - vvrr ).
 Ao descobrir a possibilidade de ocorrer sementes verdes e lisas, como amarelas e rugosas, fez Mendel chegar á conclusão de que a transmissão de características da cor da semente, são independentes da transmissão das características relacionadas á forma dessas sementes, chegando á uma lei geral afirmando a independência da transmissão de genes.

A segunda Lei de Mendel trata da segregação independente de dois ou mais pares de genes .

Para complementar os seus estudos isolados das diversas características fenotípicas da ervilha, Gregor Mendel também se dedicou a pesquisar cerca da transmissão combinada de duas ou mais características desse vegetal.

Em um de seus experimentos, ele levou em consideração simultaneamente características fenotípicas como a cor da semente (amarela ou verde) e a textura da casca da semente , que poderia ser lisa ou rugosa.

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