Em alguns métodos extrativos, utiliza-se o aumento da temperatura do sistema, o que normalmente intensifica a solubilidade de substâncias e facilita o processo extrativo. Entretanto, um aumento excessivo de temperatura (100°C) por tempo prolongado (30 minutos) pode levar a prejuízos nos extratos, como: a. favorecimento de contaminação por fungos e bactérias, pois temperaturas mais elevadas, como a de 100 °C, estimulam o crescimento microbiano. b. aumento indesejado de metabólitos secundários extraídos, pois a solubilidade aumentada pelo calor levará a uma extração intensificada, o que não é bom. c. diminuição no processo extrativo por redução da solubilidade de compostos, em que quanto maior a temperatura, menor a solubilidade de todas as substâncias. d. perdas significativas de substâncias, como os óleos essenciais (fenilpropanoides e terpenoides). e. eliminação indesejada de microrganismos pelo calor. É importante manter os microrganismos oriundos da matéria-prima recém-colhida.