Já a origem do charuto é incerta. Concretamente, o mais antigo registro do charuto que existe é um vaso maia do século X, encontrado nas ruínas de Uaxactún, na Guatemala, que mostra um indivíduo fumando folhas de tabaco enroladas com um barbante.

Com a chegada dos europeus ao continente americano, o charuto ganhou o mundo. Os primeiros europeus a terem contato com ele foram Rodrigo de Jerez e Luiz de Torres, dois marinheiros da esquadra de Colombo que foram por este enviados para explorar a região ao redor da Baía de Bariay, ao norte da atual província cubana de Holguín. Quando retornaram de sua excursão, estes relataram terem encontrado "mulheres e homens, com um tição entre as mãos e ervas para tomar a defumação à qual estavam acostumados". Quando regressou a Ayamnte, na Espanha, Jerez levava consigo algumas folhas de tabaco e mostrou a familiares e amigos como usá-las para fumar. O que lhe custou caro, pois foi acusado de estar possuído pelo demônio e condenado a anos de prisão. Os índios que habitavam em Cuba nessa época eram os tainos, que chamavam o tabaco de cohiba.