Salvador foi fundada pelo primeiro governador-geral do Brasil, Tomé de Sousa, em 1549, por ordem de D. João III, que resolveu instalar ali a sede do governo da colônia a fim de promover seu desenvolvimento e coordenar a defesa contra índios e piratas. O núcleo original da cidade surgiu na colina da Sé, parte plana do alto da escarpa, e estendeu-se para oeste, até o vale que corresponde à atual Baixa do Sapateiro. No século XVI, Salvador limitava-se à área hoje compreendida entre o Pelourinho e a praça Castro Alves.

Nos primeiros tempos de sua história, Salvador viveu momentos dramáticos. Em 1624 foi atacada pelos holandeses, que capitularam no ano seguinte; em 1627 ocorreu nova investida dos holandeses, e em 1638 o conde Maurício de Nassau chegou com tropas destinadas ao assalto da cidade. As forças do último invasor holandês foram expulsas em 1654. No século XVIII a cidade tornou-se palco de diversos movimentos pela independência nacional; houve levantes armados, que foram sufocados pelas forças imperiais.