“Quando essa mesma pergunta me foi feita, tempos atrás, afirmei que se tratava o Promotor de Justiça por “Vossa Senhoria”, pois era essa a orientação que nos passava o Manual da Presidência da República, de 1991, ao não colocá-lo entre as autoridades distinguidas pelo pronome “Vossa Excelência”. Todavia, a Lei nº 8.625/93 estabelece no seu artigo 41, I, que os membros do Ministério Público devem receber o mesmo tratamento jurídico e protocolar dispensado aos membros do Poder Judiciário. Sendo assim, promotores e procuradores de Justiça serão tratados por “Vossa Excelência” [V. Exa.]”.
Disponível em: . Acesso em: 12 maio 2016.

Conforme estipulado no Manual de Redação da Presidência da República, a forma correta de se dirigir ao Presidente da República é:
Escolha uma:

Vossa Eminência.

Vossa Santidade.

Vossa Senhoria.

Vossa Magnificência.

Vossa Excelência.